Odlukom Ministra obrane Republike Hrvatske dana 17. studenoga 1991. godine ustrojena je 40. inženjerijska bojna kao podstožerna inženjerijska postrojba pri 6. operativnoj zoni Split. Nakon kratkih priprema inženjerijska satnija sa jednom svojom skupinom odmah izlazi na unešićku bojišnicu a druga skupina odlazi brodom u opkoljeni Dubrovnik kao pomoć 163. brigadi , a dio odlazi na šibensku bojišnicu kao pripomoć 142. brigadi na utvrđivanju prve crte bojišnice i probijanju novih puteva, a ostatak na livanjsku bojišnicu. Svoj ratni put 1. pionirska satnija započela je razminiranjem osvojenih vojarni „Lora“, „Kozjak“, Žrnovnica“ i „Divulje“. U ožujku 1992. 1. Pionirska satnija odlazi u opkoljeni Dubrovnik utvrđivati liniju obrane grada. U isto vrijeme 2. Pionirska satnija odlazi na kuprešku i livanjsku bojišnicu sa zadaćom rušenja i zaprečavanja. Nakon uspješno obavljenih zadaća u opkoljenom Dubrovniku, te na šibenskoj, kupreškoj i livanjskoj bojišnici, obje pionirske postrojbe i inženjerijska satnija krajem ožujka 1992. prelaze u dolinu rijeke Neretve kako bi ojačale obranu bojišnice od najavljenog proboja neprijateljske vojske. Pripadnici bojne rade na pripremi rušenja mostova i prometnica prema Popovu Polju, probijanju novih puteva te na zaprečavanju i razminiranju oslobođenih područja. Tu bojna pruža inženjerijsku potporu 4. gbr, 1. gbr, 115. pbr, 116. pbr i 156. pbr na pravcu Cerovac – Hutovo – Vinine – Glumine i na pravcu Bršanovo – Svitava – Crnoglav – Stolovi. Priprema se rušenje postojeće komunikacije Hutovo – Neum i Stolovi – Cerovica – Vukov Klanac, te se probija novi put Vinine – Glumine.
Bojna postaje neizostavan čimbenik u uspješnim napadnim akcijama naših snaga, kada su se oslobađala okupirana područja istočne obale Neretve. Zajedno sa navedenim borbenim postrojbama 40. inženjerijska bojna sudjeluje u operaciji „Tigar“, oslobađa dio Popova Polja i mjesta Ravno. Tada su pripadnici bojne brzo i kvalitetno osigurali novodostignute položaje i očistili teren od mina.
Sukladno dobivenim zapovijedima inženjerijska skupina pripadnika bojne u vremenu od travnja do lipnja 1992. kreće iz zone razmještaja u Kleku i prati 1.gbr u akciji „Tigar“ na pravcu djelovanja Neum – Mokošica, i radi na uklanjanju zapreka, razminiranju i utvrđivanju dostignutih položaja. Uspješnim napadnim djelovanjima HV deblokiran je Dubrovnik, a nemjerljiv doprinos inženjerijske satnije bio je kada su u kratkom roku nasuli miniranu magistralu u Dubokoj Ljutoj i time omogućili prolaz naših tenkova za brzo i uspješno oslobađanje Cavtata i Konavala. U početku te akcije pionirske postrojbe otvaraju prolaz kroz minska polja a tijekom akcije vrše razminiranje vodovodnog postrojenja iznad uvale Duboka Ljuta, zatvaraju vodu Herceg Novom i Crnoj Gori. Izvršeno je razminiranje hidrocentrale „Plat“ a nakon toga aerodroma „Ćilipi“, i Konavoskog polja. Vrši se čišćenje i razminiranje svih važnijih dalekovoda, trafostanica i vodoopskrbnih objekata na području od Stona do Prevlake. Inženjerijska satnija probija puteve u konavoskim brdima i utvrđuje dostignute crte bojišnice, a dio satnije radi na uređenju i osposobljavanju zračne luke Ćilipi. Dio pioniraca upućen je da radi na razminiranju otoka Lastova i Visa. Nakon oslobađanja dubrovačkog područja i dijela istočne Hercegovine bojna sa većinom svojih snaga vrši zaprečivanje krajnje crte obrane naših snaga na rubu Popova polja, te razminiranje otoka dubrovačkog akvatorija. Početkom 1993. dio inženjerijskih i pionirskih snaga prelazi na zadarsku bojišnicu gdje sudjeluju u provedbi operacije „Maslenica“. Pioniri su raspoređeni na otvaranje prolaza kroz minska polja u pravcima napada naših snaga prema Babindubu, Škabrnji i Dračama. Nakon završetka akcije pionirci rade na zaprečivanju dostignutih crta obrane u zadarskom zaleđu i na području biogradske bojišnice.
Kod oslobađanja brane „Peruča“ 2. pionirska satnija izvršila je otvaranje temeljnog ispusta oštećene brane i tako spriječila moguću katastrofu za stanovništvo nizvodnih naselja. Inženjerijska satnija radi na probijanju puteva duž nove crte obrane a izuzetno težak zadatak izvršila je kada je je po izuzetnoj hladnoći i dubokom snijegu, radeći samo noću, probila put do vrhova Velebita i time omogućila dotok hrane, streljiva, tehnike i medicinske pomoći do naših položaja na vrhovima planine. Dio inženjerijske satnije odlazi na planine Svilaju i Dinaru gdje rade na izradi novih puteva i na utvrđivanju ljudstva i tehnike, a veća skupina sve do same akcije „Oluja“ radi na izgradnji zračne luke „Šepurine“. Jedna skupina pionira čitavo vrijeme vrši razminiranje oslobođenih područja na planini Svilaji i na dijelu drniške bojišnice, a druga na razminiranju kompleksa „Kukuzovac“ kod Sinja.
Krajem 1994. dio bojne prelazi na livanjsku bojišnicu gdje sudjeluje u akciji „Zima 94“ izrađujući prolaz kroz minska polja ispred naših napadnih snaga na pravcu Gornji Rujani – Čaprazlije. Nakon uspješne akcije hrvatske vojske pioniri izvršavaju zadaću razminiranja oslobođenog područja i formiranju PSZ pri OG Livno. Inženjerijska satnija sudjeluje u svim akcijama na livanjskoj bojišnici „Zima 94“, „Skok 1“, „Skok 2“ i „ Ljeto 95“ gdje odrađuje izuzetno važne zadaće na utvrđivanju naših snaga i probijanju puteva na planinama Dinari i Šatoru. U svim navedenim akcijama sudjelovali su i pioniri 40. inženjerijske bojne kao PSZ vršeći zadaće razminiranja oslobođenih područja i zaprečivanje dostignutih crta bojišnice. Inženjerijska satnija sa svojim teškim strojevima čitavu dugu i nadprosječno hladnu zimu radi na probijanju tenkovskog puta preko Dinare prema Kninu. Nadljudskim naporima, prkoseći hladnoći i velikim snježnim nanosima, zadaća je izvršena i time omogućeno provođenje akcije „Oluja“ i sam ulazak hrvatskih tenkova preko Dinare u Knin. Čitavo vrijeme pripreme i provođenja svih akcija na livanjskoj bojišnici pripadnici 40. inženjerijske bojne borili su se rame uz rame sa snagama 4. gbr i 7. gbr. Tako su i u akciji „Oluja“ zajedno ušli u Knin.
U Oluji dio bojne ide Dinarom do Knina, a dio u pravcu Bosanskog Grahova. Nakon oslobođenja Knina bojna sa svojim snagama sudjeluje u akcijama „Maestral“ i „Južni potez“ osiguravajući inženjerijsku potporu 6. dp, 126. dp, 141 pbr i drugim postrojbama pri oslobađanju područje Drvara. Druga skupina prati i osigurava 4. gbr, 7. gbr i HVO, koji djeluju u pravcu Šipova, Mrkonjić Grada i Jajca.
Smirivanjem borbenih djelovanja postrojba se ponovo vraća na dalmatinska ratišta gdje težišne zadaće postaju razminiranje oslobođenih područja, pregledavanje željezničkih pruga, dalekovoda i prometnica u području Gospića i Zadra, razminiranje vodoopskrbnih objekata te pregled i čišćenje terena od zaostalih mina i neeksplodiranih UbS-a.
Inženjerijska satnija radi na miniranju i iskopu vodovodnih kanala u Škabrnji, Čisti Velikoj i Stankovcima, na izgradnji prometnice do pristaništa za otok Visovac te na izgradnji ceste Kulušići – Čupići.
Nakon završetka Domovinskog rata inženjerijska satnija sudjeluje u obnovi i izgradnji ratom porušenih dijelova Dalmacije.
U Domovinskom ratu kroz 40. inženjerijsku bojnu prošlo je više od 1000 bojovnika a bojna je imala 4 poginula, 4 umrla i veći broj teško ranjenih pripadnika. Čitavo vrijeme Domovinskog rata, svih 1688 dana svog ratnog puta, bojna je djelovala na prvim borbenim crtama bespogovorno izvršivši sve dobivene zadaće. Za takvu žrtvu 40. inženjerijsku bojnu pohvalio je NGS OSRH general zbora Antun Tus, NGS OSRH general zbora Janko Bobetko, Ministar obrane Gojko Šušak i zapovjednik ZP general Ante Gotovina. Za svoj doprinos u oslobađanju grada bojna je 1994. godine dobila javno priznanje Grb grada Zadra.
Svojim radom, zalaganjem i stručnošću pripadnici 40. inženjerijske bojne dali su nemjerljiv doprinos konačnom oslobađanju Domovine Hrvatske.